Ementário do programa de pós-graduaçÃo em bioengenharia tópicos metodológicos



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EMENTÁRIO DO PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM BIOENGENHARIA
1. TÓPICOS METODOLÓGICOS


Nome da disciplina: ESTRUTURA E ULTRAESTRUTURA CELULAR

Código: MET01

Domínio: metodológica

Creditos (carga horaria): 03 (45h)

Oferecimento: 10 trimestre

Docentes: Prof. José Batista de Jesus

Ementa: Fundamentos técnicos de microscopias ópticas e eletrônicas. Microscopias ópticas: campo claro, campo escuro, polarização, contraste de fase, contraste interferencial de Nomarski e fluorescência. Microscopias eletrônicas: transmissão e varredura. Preparo de material biológico para microscopias ópticas e eletrônicas: congelamento, fixação, pós-fixação, desidratação, secagem e contrastação eletrônica. Introdução à Microscopia de Varredura por Sonda (Scanning Probe Microscopy - SPM)

Bibliografia:

Alberts B., Johnson A., Lewis J. Raff M., Roberts K, and Walter P. Molecular Biology of the Cell (5th Edition). Chapter 9. Garland Science, USA. 2008.

Machado R.D. Microscopia Óptica. Brochura. UFRJ-Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho, 1976.

Lacey A.J. (Editor). Light Microscopy in Cell Biology: a pratical approach (2nd Edition).Oxford University Press. 1999.

Davidson M.J. Optical microscopy primer. Disponível em http://www.micro.magnet.fsu.edu/primer/

Arimoto R., and Murray J.M. A common aberration with water-immersion objective lens. J. Microsc. 216: 49-51, 2004.

De Souza W. (Editor). Técnicas Básicas de Microscopia Eletrônica aplicada às Ciências Biológicas. Sociedade Brasileira de Microscopia Eletrônica; Universidade Estadual do Norte Fluminense, 1998.

Waters J.C., and Swedoww J.R. Interpreting fluorescence microscopy images and measurements. In Evaluating Techniques in Biochemical Research. Zuk D. (Editor). Cell Press, 2007.






Nome da disciplina: MODELAGEM COMPUTACIONAL

Código: MET02

Domínio: metodológica

Creditos (carga horaria): 03 (45h)

Oferecimento: 10 trimestre

Docentes: Prof. Antonio Marcio Rodrigues

Ementa: Processos discretos em biologia; Aplicações de equações de diferenças à biologia populacional; Processos contínuos e equações diferenciais ordinárias; Aplicações a modelos contínuos de dinâmicas de populações; Modelos de eventos moleculares; Sistemas distribuídos espacialmente e modelos de equações diferenciais parciais; Modelos de equações diferenciais parciais em biologia.

Bibliografia:

Edelstein-Keshet, L.; Mathematical models in biology; Classics in applied mathematics; SIAM, 2005.





Nome da disciplina: BIOQUÍMICA

Código: MET03

Domínio: metodológica

Creditos (carga horaria): 03 (45h)

Oferecimento: 10 trimestre

Docentes: Prof. Iola Gonçalves Boechat

Ementa: Propriedades coligativas das soluções. Determinacão de massa molecular de proteínas: eletroforese em uma dimensão. Discriminacão de spots proteicos em diferentes pH: eletroforese em duas dimensões. Marcacão isotópica de proteínas e oligopeptídeos. Fundamentos de cintilacão líquida. Fundamentos de cromatografia e análise de cromatogramas. Fundamentos de zimografia e análise de zimogramas. Cromatografia em camada fina e expressão lipídica em células eucarióticas

Bibliografia:

Voet, D.; Voet, J.G. (3ª edição) Biochemistry





Nome da disciplina: BIOLOGIA MOLECULAR

Código: MET04

Domínio: metodológica

Creditos (carga horaria): 03 (45h)

Oferecimento: 10 trimestre

Docentes: Profs. Ivan Carlos dos Santos, Ana Paula Madureira e José Batista de Jesus

Ementa: Sequenciamento de DNA, eletroforese de ácidos nucléicos, restrição enzimática e tecnologia do DNA recombinante, tipos vetores de clonagem, transfecção celular, hibridizações, PCR, RT-PCR, PCR em tempo real, genes repórteres, bibliotecas genômicas, microarranjos de DNA, imunoprecipitação de cromatina (CHIP), SELEX, RNAi, animais e plantas transgênicos.

Bibliografia:

Genes VIII. B. Lewin e Molecular Biology of the Gene (última edição) de Watson, Hopkins, Roberts, Steitz e Weiner.

Molecular Cell Biology. Arnold Berk, S. Lawrence Zipursky, Paul Matsudaira, David Baltimore, James Darnell, Harvey F. Lodish W H Freeman (1999)

The Cell: A Molecular Approach Geoffrey M. Cooper Sinauer Associates Incorporated (2003).




Nome da disciplina: BIOFÍSICA

Código: MET05

Domínio: metodológica

Creditos (carga horaria): 03 (45h)

Oferecimento: 10 trimestre

Docentes: Prof. Mário Antônio Duarte

Ementa: Introdução a membranas celulares. Introdução a mecanismos de transporte transmembrânico. Solutos concorrentes e transporte. Transportes mediante carreadores. Transporte iônico e potencial de repouso. Equilíbrio homeostático. Mecanismos de difusão em tecidos biológicos. Fundamentos de termondinâmica e aplicações a sistemas biológicos. Descrição de algumas Medidas experimentais dos mecanismos intracelulares. Modelos de viscosidade e elasticidade para a célula. Microscopia de fluorescencia e aplicações em sistemas biológicos.

Bibliografia:

Weiss, T.F.; Cellular Biophysics - Transport, MIT Press, 1995

Giebisch, G.; Tosteson, D.C. & Ussing, H.H.; Membrane Transport in Biology, Springer Verlag, vol.1, 1978.

Boyce, W.E. e Diprima, R.C.; Equações diferenciais elementares e problemas de valores de contorno; Editora Guanabara,; 1995.

Jonathon Howad; Mechanics of Motor Proteins and the Cytoskeleton

Mohammad R. K. Mofrad and Roger Kamm; Cytoskeletal Mechanics: Models and Measurements (Cambridge Texts in Biomedical Engineering).

W. James Nelson, Arnost Kleinzeller, and Dale J. Benos; Membrane Protein Cytoskeleton Interactions (Current Topics in Membranes).




Nome da disciplina: ANÁLISE ESTATÍSTICA DE DADOS

Código: MET06

Domínio: metodológica

Creditos (carga horaria): 03 (45h)

Oferecimento: 10 trimestre

Docentes: Prof. Bjorn Gucker

Ementa: Amostragem de dados, índices de riqueza e diversidade, modelos de distribuição e distância. Métodos paramétricos e não paramétricos para análises de variância entre dois ou mais grupos de amostras independentes e dependentes. Análises de co-variância. Análises paramétrica e não-paramétrica de correlação. Análise de regressão linear simples e múltipla. Análises multivariadas descritivas e ordenativas (PCA, Cluster, MDS, Correlação Canônica e Análise Discriminante). Análises de padrões espaciais de distribuição e abundância. Análises da afinidade de espécies e classificação de comunidades. Meta-análise em ecologia. Modelos Nulos.

Bibliografia:

Díaz, F. R. e López, F. J. B. (2007) Bioestatística. Thomson Learning.

Ludwig, J. A. & Reynolds, J. F. (1988) Statistical Ecology. A primer on methods and computing. Wiley Interscience.

Magurran, A. E. (2004) Measuring Biological Diversity. Blackwell Publishing.

Quinn, G. P. & Keough, M. J. (2002) Experimental Design and data analysis for biologists. Cambridge University Press.

Ruxton, G. D. & Colegrave, N. (2006) Experimental design for the life sciences, 2a ed., Oxford University Press.



Zar, J. H. (1999) Biostatistical analysis, 4a ed., Pearson Education.





Nome da disciplina: QUÍMICA ANALÍTICA APLICADA A BIOSSISTEMAS

Código: MET07

Domínio: metodológica

Creditos (carga horaria): 03 (45h)

Oferecimento: 10 trimestre

Docentes: Prof. Rogério Martins Maurício

Ementa:

Bibliografia:




Nome da disciplina: ANÁLISE ESTATÍSTICA DE DADOS II

Código: MET08

Domínio: metodológica

Creditos (carga horaria): 03 (45h)

Oferecimento: 10 trimestre

Docentes: Prof. Ana Paula Madureira

Ementa:

Bibliografia:






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